双方协议离婚的流程如下：
1、双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记并提交相关证件；
2、婚姻登记管理机关的工作人员进行审查；
3、婚姻登记管理机关经过审查后，对符合婚姻法和《婚姻登记管理条例》的离婚申请，予以登记并发给《离婚证》，注销《结婚证》。