生态比较研究(ecological comparison study)是生态学研究中应用较多的一种方法。
生态比较研究中最为简单的方法是观察不同人群或地区某种疾病的分布，然后根据疾病分布的差异，提出病因假设。
这种研究不需要暴露情况的资料，也不需要复杂的资料分析方法，如描述胃癌在全国各地区的分布，得到沿海地区的胃癌死亡率较其他地区高，从而提出沿海地区环境中如饮食结构等可能是胃癌的危险因素之一。
生态比较研究更常用来比较在不同人群中某因素的平均暴露水平和某疾病频率之间的关系，即比较不同暴露水平的人群中疾病的发病率或死亡率，了解这些人群中暴露因素的频率或水平，并与疾病的发病率或死亡率作对比分析，从而为病因探索提供线索.
生态比较研究也可应用于评价社会设施、人群干预以及在政策、法令的实施等方面的效果。
生态趋势研究(ecological trend study)
是连续观察一个或者多个人群中某因素平均暴露水平的改变和(或)某种疾病的发病率、死亡率变化的关系，了解其变动趋势；通过比较暴露水平变化前后疾病频率的变化情况，来判断某因素与某疾病的联系。