东营南站站房建筑面积11500平方米，车站2015年具有2个站台，其中包括一个侧式站台和一个岛式站台。线路包括一条正线，三条到发线和一条待避线。此外，还具有大机停靠线两条。2018年11月，京沪高铁二线已经正式确定不经过东营南站。并确定在东营新建新东营站，设计时速为350km/h。