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弘光元年(1645年),苏松兵备佥事任上,南京沦陷,福王被俘,苏松所属各镇先后失守。沈宸荃同江上佥事冯元,迎鲁王朱以海监国于绍兴。擢右佥都御史督师,进兵部左侍郎兼副都御史。江防兵溃,扈鲁王航海。
鲁监国二年(永历元年,1647年),宸荃克复福州所属各县,欲挥师攻福州,遭郑彩阻。
鲁监国四年(永历三年,1649年),清军克闽,宸荃从鲁王迁师舟山。练水师,列巨舶于东南水门外。
鲁监国六年(永历五年,1651年),清军集大兵分三路攻舟山,沈宸荃兵败。
鲁监国七年(永历六年,1652年)从扈思明、金门,请往日本征兵。正月二日,舣南日山,遭风舟覆死,或曰名振沉之,年三十七。
康熙时清廷修《明史》,有人建议沈宸荃、张煌言不能以叛逆论,得康熙帝认可,遂将沈宸荃列传于明史。
1776年,乾隆帝下江南,听闻前朝沈宸荃英雄事迹,亲临沈师桥寻访旧迹;乾隆帝遂追谥沈宸荃“忠节”。