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专业分析：
公安机关在检察机关二次退回补充侦查期间，发现嫌疑人有其他犯罪事实的，应当重新计算侦查羁押期限。 《公安机关办理刑事案件程序规定》（公安部令127号） 第一百四十七条在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，应当自发现之日起五日以内报县级以上公安机关负责人批准后，重新计算侦查羁押期限，制作重新计算侦查羁押期限通知书，送达看守所，并报批准逮捕的人民检察院备案。 前款规定的“另有重要罪行”，是指与逮捕时的罪行不同种的重大犯罪以及同种犯罪并将影响罪名认定、量刑档次的重大犯罪。 第十三节补充侦查 第二百八十四条侦查终结，移送人民检察院审查起诉的案件，人民检察院退回公安机关补充侦查的，公安机关接到人民检察院退回补充侦查的法律文书后，应当按照补充侦查提纲在一个月以内补充侦查完毕。 补充侦查以二次为限。 第二百八十五条对人民检察院退回补充侦查的案件，根据不同情况，报县级以上公安机关负责人批准，分别作如下处理： （一）原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送人民检察院审查；对无法补充的证据，应当作出说明； （二）在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查； （三）发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院； （四）原认定犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。 第二百八十六条对于人民检察院在审查起诉过程中以及在人民法院作出生效判决前，要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料的，应当及时收集和提供。
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北京市京师律师事务所
补充侦查时发现新罪的处理：应当立案侦查（并案），同时，自发现之日起依照《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定重新计算侦查羁押期限。全案不受补充侦查时限的限制。侦查羁押期限，是指犯罪嫌疑人在侦查中被逮捕以后到侦查终结的期限。
天津东方律师事务所
侦查的期间，若发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，应当立案侦查（并案），自发现之日起依照《刑事诉讼法》规定重新计算侦查羁押期限。犯罪嫌疑人不讲真实名字、住址，对其身份不明的，应当进行调查，侦查羁押期限自查请犯罪嫌疑人身份之日起计算，但不停止对其犯罪行为的侦查取证。